İlk kuruluş tarihi bilinmeyen Karadağ Köyü’nün, “yazları Çan kazasında yaylanan, kışları Edremit’te kışlayan Karadağ cemaati tarafından kurulduğu tahmin edilmektedir.” ⁽¹⁾

Şimdiki köy mezarlığının bulunduğu yerde “Dede Mezarı” denilen yuvarlakça ve iri bir mezar taşının bulunması ve mezarlığın yanından geçen yoldan zaman zaman insan kemiklerinin çıkması ve yeni mezar yeri kazılırken tuğla ile kapatılmış veya örülmüş mezarlara rastlanması burasının daha önce de mezarlık olduğunu göstermektedir. Ayrıca bir Rum maşatlığının da var olması, Karadağ’da Rumlardan önce Türklerin yaşadığını doğruluyor.

Köyde yaşamış olan Rumların Karadağ’a ne zaman geldiği bilinmemekle birlikte, Biga yöresinden gelip Karadağ’a yerleştikleri, zanaatkâr insanlar olduğu, baca ve duvar ustalığı, marangozluk ve değirmencilik yaptıkları; 1914 yılında askerler tarafından köyden çıkarıldıktan sonra Yunanistan’a gittikleri biliniyor. Sotiriadis’e göre 1912 yılında Karadağ köyünde 750 Rum yaşıyordu. ⁽²⁾

Karadağ’ın şimdiki yaşayanları ise, 1914 yılında Bulgaristan’ın Hülbe(Plovdiv) ili İstanimaka(Asenovgrad) ilçesinin Borova köyünden 47 hane. Beliç(Belitsa) köyü 11 hane, Gündüzlü(Zornitsa) 8 hane, Ustiritsa 3 hane. Dırama’dan 4 hane, Razgart(Hazargrad)? kasabası’nın Sultaniye köyünden 8 hane, Debreibala’dan 10 hane Arnavut (sonraki yıllarda Arnavutlar köyü terk etti),  Manastır’dan 1 hane, Şumnu’dan 1 hane ve Hardelva’dan 1 hane olmak üzere toplam 97 hane olarak  geldikleri, Karadağ köyü kütüğünün 13.08.1332 (1916) tarihli kayıtlarından anlaşılıyor. ⁽³⁾ 

Borova ve Beliç’lilerin, Osmanlı ve Bulgaristan hükümetinin anlaşması sonucu 14 Mayıs 1914 tarihinde pasaport alarak, 19 Mayıs 1914 tarihinde Kara Biga’ya geldikleri, Pomakların ise(Ustiritsa, Gündüzlü, Sultaniye ve Drama) kaçak olarak geldikleri biliniyor.

Ayrıca Karadağ Köyü’ne 1923 Türk-Yunan Mübadelesinde Yunanistan Filorina’dan 28 hane⁽⁴⁾ yerleştirilmiş ise de, Filorina'lılar köy yaşamına ayak uyduramayıp kısa zamanda köyü terk etmişlerdir.

1947 yılına değin Biga’ya bağlı olan Karadağ, 1947 yılında Çan’ın ilçe olmasıyla birlikte Çan’a bağlanmıştır.